动漫作品申请版权的主要流程如下：

第一步，准备材料。在申请版权之前，必须先准备好所有相关的资料，包括作品的名称、内容、版权人信息等等。

第二步，填写申请表。填写申请表时必须提供真实有效的信息，否则会影响到版权申请的通过。

第三步，提交申请。将填好的申请表及相关材料提交至版权局或相关机构，同时需支付相应的版权申请费用。

第四步，审查。版权管理机构会审核申请表和相关材料，对申请的内容进行核实和评估。

第五步，颁发证书。审核通过后，版权管理机构就会颁发版权证书，证明申请人已经获得了对作品的版权。

在申请版权的过程中，作者应当注意以下几个方面：

首先要保证作品是原创的，没有抄袭、侵权行为，否则将会被拒绝申请版权。其次，建议在创作过程中注明版权信息，例如在作品的开头、结尾或网站上添加版权声明、署名等。最后要注意保护自己的隐私和版权，不要随意泄露自己的个人信息。

总而言之，动漫作品申请版权是保护自己作品的一种重要方式，只有拥有版权的作品才能合法地在商业上进行销售和使用，因此在申请版权的过程中，需要投入大量的时间和精力，确保申请成功并能够得到切实的保护。同时，也需要注意保护自己的隐私和版权，避免侵权行为的发生。