根据我国《商标法》和《著作权法》的规定，商标著作权申请均需在国家知识产权局（以下简称“局”）进行。具体程序如下：

一、商标著作权申请

商标著作权是商标在著作权法下保护，它与商标注册并不同步。特别需要注意的是，即便商标已经注册，也并不能代表着商标著作权已经申请成功。

商标著作权主要涉及商标名称、标识、图形、文字等元素作品的著作权。在申请过程中，需提交完整的申请材料，包括申请表、申请书、著作权原件或复印件等。申请人在申请时要特别注意提供必要的附加材料，如性质说明书、产品类别表等。

二、商标注册申请

商标注册是指对商标的专有使用权进行的登记注册，它在商标保护中具有法律效力。商标注册申请是在国家知识产权局进行的。申请人需要在申请栏目中选择适合自己商标的国际分类，共计45个类别，分别对应不同类型的商品或服务。商标注册的办理周期较长，正常情况下需时6-12个月。

对于商标著作权与商标注册之间的关联，需要注意的是：商标著作权的核发与商标注册的核发程序截然不同。商标著作权申请过程相对较简单，数量较大，需求量逐年增加。而商标注册则涵盖了STO、中通、申通、京东等诸多外部商标的保护，数量不会过多，但在实践申请过程中，申请人要特别注意商标的设计、品牌识别度等问题。

三、注意事项

在申请商标著作权时，申请者必须注意提交的证明材料不能出现任何问题，否则会影响申请的速度和结果。例如在提交商标图片时，所选图片需要高清晰度，图片内容也不能违反公序良俗。同时，涉及行业、领域等问题，开展规模相对较大的企业在申请时也需要考虑这些问题。

在提交商标注册申请时，申请人需要特别重视几个关键点。首先是商标的可注册性及名称语言问题，需要选择准确的商品和服务关键词，同时要注意商标应该具备与之相关的权利节（如优点、口碑、技能等）。其次是商标的审查中一般会涉及与其相关的字号、健康卫生、环境、科技、社会公益、社会组织、保险等关键性问题，这些问题都需要考虑到。

总之，在商标著作权申请过程中，任何环节都需要细心操作，以确保申请取得成功。同时，申请商标著作权和商标注册均具有区别，因此，在申请、办理时也应尽量避免出现混淆。