代理申请版权的具体操作流程一般包括以下几个步骤：

1. 委托书签署。版权拥有者与代理人签署委托书，授权代理人申请、管理、维护其作品的版权。

2. 申请申请书。代理人根据委托书的内容，填写版权登记申请书。在填写申请书的过程中，代理人需要提供作品的具体信息，包括作品名称、作者、作品种类、发表方式等信息。

3. 审核。版权登记申请书提交后，版权机构会对申请书进行审核。审核结果可能是通过、不通过或需修改。

4. 注册登记。审核通过后，版权机构会对该作品进行登记注册。注册成功，版权机构会发放登记证书，标识作品的版权归属和其受到法律保护。

除了申请版权登记外，代理人还需要负责维护版权。这包括针对作品盗版、抄袭、侵权等情况，及时采取必要的法律手段进行维权。

代理申请版权的优点是能够让版权拥有者将版权管理的繁琐程序交由专业人员处理，提高版权管理的效率，更好地保护自己的版权。同时，由于代理人拥有专业知识和丰富的经验，申请或维权等操作更加得心应手。

但是，代理申请版权也存在一些限制。首先，代理人通常需要收取一定的费用，尤其是在维权的过程中，费用可能更高。其次，版本拥有者可能需要将部分版权管理的权利交由代理人，因此需要在选定代理人前进行慎重考虑，确保代理人的专业能力和信誉度符合要求。

总之，对于版权拥有者来说，代理申请版权是一种更有效的保障版权的方式。然而，选择代理人是需要慎重考虑的，只有选对了靠谱的代理人才能真正发挥代理申请版权的作用。